Kontrowersje budzi kwestia, czy sama analiza kodów może być podstawą definiowania gatunków. O O o wstecz w celu prowizorycznego redefiniowania znanych gatunków jest największym zagrożeniem dla postępu w taksonomii. Problem, według oponentów, polega na nadmiernym uproszczeniu. Przyroda jest bałaganiarska twierdzi entomolog Daniel Rubinoff z University of Hawaii w Manoa. Istnieje dziś wiele definicji gatunków, gdyż nikt nie wie dokładnie, co można uznać za specjację. Naukowość taksonomii zasadza się na analizowaniu setek cech pozwalających dokonywać takich rozstrzygnięć i dlatego właśnie jednoparametrowe zestawy danych stosowane przez zwolenników etykiet są jak powrót do mroków średniowiecza twierdzi. Wtóruje mu biolog Brent D. Mishler z University of California w Berkeley, określając użycie etykiet do.odrębnych gatunków.